Tu devrais commencer par isoler le problème : Vérifie que tes mp3 affiche ou non les jaquettes (covers) sur un autre logiciels.
Si les jacquettes sont bien affiché : le problème ne viendrais donc pas des métadonnés de tes MP3 mais du logiciel qui les lis. Ca va grandement diminuer ton champs de recherche !
A ce moment là, si tu tiens à conserver VLC, tu peux, après t'être assuré qu'il n'est pas un paramètre que tu as (dés)activé par mégarde, le désinstallé et le réinstallé.
Si le problème persiste, tu peux essayer de le désinstallé en profondeur ( iobit uninstaller par exemple fait ceci) pour supprimer des éventuelles paramètres sauvegarder sur ton ordinateur qui serait à nouveau utilisé à la réinstallation du logiciel.
Mon conseil :
1 - Télécharger tes covers sur google image (onglet image, nom de l'artsiste nom de l'album & outil : chercher les grandes images) pour avoir une bonne qualité d'image.
Garde ce fichier image (.JPG ou .PNG généralement) dans le même repertoire que tes fichiers musicaux et nomme le COVER ( ce qui donnera cover.jpg ou cover.png ) (beaucoup de logiciel de musique reconnaisse automatiquement ce nom de fichier comme jacquette musical)
2 - Utilise MP3TAG (gratuit) pour éditer les métadonnées de tes fichiers et y ajouter la jacquette (covers) que tu souhaite.
3 - Desinstalle en profondeur VLC et réinstalle le.
4 - Change de lecteurs (je te conseil AIMP, la 4.7 à de très nombreuses fonctionnalités et l'affiche des covers est très bien intégrés! )