En fait dans ce bouquin, Descartes décide d'appliquer sa méthode rationnelle au monde. Il commence par dire, que tout ce qui nous trompe est faux, et, pour trouver la vérité, il doit tout virer pour tout bien reconstuire (le fameux panier avec une pomme pourrie, il vire toutes les pommes pour ne remettre que les saines). Tout ce dont il peut douter est considérer comme faux, trompeur.
Bref, ce qu'il veut faire, c'est être rationnel. Donc il commence par dire que les sens trompent, donc exit les sens et tout ce que ça perçoit. Il vire Dieu aussi, les maths, tout. Pour cela, il utilise l'hypothèse méthodologique du Malin Génie pour renforcer son doute hyperbolique. A la fin de la première méditation, la seule chose dont le Malin Génie n'a pas réussi à faire douter Descartes, l'action de penser (mais pas la pensée ou l'âme). Après dans les méditations suivantes, toujours en étant rationnel et grâce à des objections raisonnables, il retrouve tout ce qu'il avait écarter. Le seul véritable échec dedans c'est Dieu qu'il ne peut retrouver vraiment, il utilise l'argument ontologique qui n'est pas ce qu'il y a de plus rationnel (Kant le critiquera la dessus).
Mais pas d'erreur, si il y a bien une chose que Descartes n'aime pas c'est la philosophie sceptique. Si il a utilisé le doute hyperbolique, c'était purement méthodologique.